Neben dem Dateisystem stellt die Datenbank den zentralen Kern des Systems dar. In der Datenbank werden nahezu alle Inhalte, welche durch Joomla! ausgegeben werden sollen, gespeichert. Ausnahmen können beispielsweise Inhalte von externen Datenquellen oder eingebundene Inhalte wie Dokumente oder Bilder sein.
Die Datenbank stellt für die verschiedenen Inhalte die Strukturen in Tabellen dar und erlaubt einen einfachen und schnellen Zugriff auf diese Daten. Derzeit bietet Joomla! nur ein native Unterstützung für den MySQL Datenbankserver an. Es ist in Zukunft aber geplant auch andere Datenbanksysteme wie zum Beispiel PostgreSQL zu unterstützen. Grundsätzlich werden sowohl die zentralen Tabellen als auch die aller Erweiterung in einer Datenbank gespeichert. Dies ist zwar nicht zwingend, aber Erweiterungen können auch auf entfernte Datenquellen für die Ausgabe oder Verarbeitung eigener Inhalte nutzen. Ein gutes Beispiel für die Nutzung solcher entfernter Datenquellen stellen sogenannte RSS Feeds dar, welche von einem entfernten Webserver bezogen und auf dem lokalen ausgegeben werden.